マダガスカル政府は、国家開発計画（2015-2019年）に基づき、国際水準の教育を目指し、非識字者の減少、全ての子どもへの無償で良質な教育の提供のための政策を掲げている。特に、国民教育・技術・職業教育省（以下、教育省）による教育セクター計画（2018-2022年）において、基礎教育の完全普及の達成に向けた「アクセス」と「質」の改善を柱に据えている。教育省は本計画の中で、基礎教育の質が低い原因として、脆弱な教育行財政、コミュニティの理解・協力不足による学校運営の悪化などを掲げており、これらの問題に対処するために、コミュニティを巻き込んだ小学校運営委員会（以下、FEFFI）の機能強化が必須であるとしている。

我が国は、対マダガスカル事業展開計画（2017年4月）において、教育・保健分野などの「社会セクター開発」を重点分野として掲げており、学校建設等のインフラ整備及びコミュニティの参加型学校運営改善を通じて、マダガスカルの教育開発を支援する方針を打ち出している。本計画の一環として、本プロジェクトの前フェーズである「みんなの学校：住民参加による教育開発プロジェクト」（以下、フェーズ１）が2016年5月から実施中されててきた。アナラマンガ県とアムルニマニア県の公立小学校約2,650校に対して参加型・分権型学校運営モデルを普及し、FEFFIの活性化に貢献している。また、FEFFIを基盤とし、コミュニティに支援された習熟度別速習補習活動や学校給食の提供を支援し、これらの取組みの結果、小学校就学児童数の増加や学力テスト結果の向上等、基礎教育アクセス及び質の改善に貢献してきた。

教育省は、フェーズ１の成果を受けて、他県の公立小学校に同モデルを普及することに加え、乳幼児期/就学前期の児童（0-5歳）の発達・教育に付与するモデルの開発を主な目的とした本プロジェクトを要請し、2019年の詳細計画策定調査を経て、2020年7月から実施されている。